Allievo della Scuola Normale Superiore di Pisa con un dottorato di ricerca dell'Università di Pisa, è stato professore associato all'Ecole Normale Supérieure di Parigi e poi professore ordinario di Informatica all'Università Paris Diderot. Presidente del consiglio di amministrazione e del comitato scientifico dell'istituto IMDEA Software e presidente del capitolo Software del Comitato Nazionale per la Scienza Aperta in Francia, è oggi distaccato presso Inria.
I suoi interessi di ricerca comprendono l'informatica teorica, la programmazione funzionale e parallela e distribuita, la semantica dei linguaggi di programmazione, i sistemi di tipi, la logica lineare, la riscrittura e i nuovi problemi posti dall'adozione generalizzata del Software Libero. Ha pubblicato oltre 20 articoli su riviste internazionali e 50 articoli in conferenze internazionali.
Nel 2008 ha creato e coordinato il progetto europeo Mancoosi, con 10 partner, per migliorare la qualità dei sistemi software basati su pacchetti.
Sostenitore del Software Libero, ha contribuito alla sua adozione dal 1998 con il best seller Hijacking the world e tramite seminari, articoli e software. Nel 2007 ha creato il gruppo Software Libero di Systematic, contribuendo a finanziare oltre 50 progetti di ricerca e sviluppo per un budget di oltre 200 milioni di euro. Dal 2010 al 2018 è stato direttore di IRILL, una struttura di ricerca dedicata alla qualità del software libero.
Nel 2015 ha creato, e ora dirige, Software Heritage, un'iniziativa per costruire l'archivio universale di tutti i codici sorgente pubblicamente disponibili, in collaborazione con l'UNESCO.